Le suivi de la qualité des eaux souterraines , dans le temps et l’espace, est un élément indispensable pour la connaissance et la protection de la nappe rhénane. En Alsace, le réseau d’observation général a été conçu pour évaluer de façon globale la qualité des eaux souterraines . Plus de 700 points de prélèvements (puits , forages) ont ainsi été répartis, de façon homogène, sur l’ensemble de la nappe.
Parmi ces points d’observation, une centaine sont des puits d’alimentation en eau potable , suivis régulièrement par l’Agence Régionale de Santé (ARS), les autres points sont constitués par des puits à usage agricole, domestique ou industriel, ou par des piézomètres.
Une campagne de mesures et d’analyses est menée environ tous les six ans. Elle concerne la température, la conductivité , le pH, la teneur en calcium et magnésium (dureté), les teneurs en sodium, en potassium, en ions ammonium, bicarbonates, nitrates , sulfates et chlorures, ainsi que les teneurs en micropolluants organiques depuis 1991. Les données qualité sont stockées dans l’Observatoire de la nappe d’Alsace qui est gérée depuis 1996 par l’APRONA.
Lorsqu’elle n’a pas subi de contaminations liées aux différentes activités humaines, l’eau de la nappe du Rhin se caractérise par une excellente qualité organoleptique, une excellente qualité microbiologique, ainsi qu’un bon équilibre physico-chimique ; c’est une eau moyennement dure. La conductivité médiane est de 655 uS et le pH de 7,2. Les eaux les plus acides sont observées au niveau des cônes de déjection des rivières vosgiennes et dans le Pliocène de Haguenau.
La température de la nappe est comprise entre 10 et 15 °C avec une moyenne de 13 °C. Du fait de sa température constante (de 10 à 3 °C à 40 m de profondeur), la nappe est également très utilisée pour le chauffage et la climatisation par pompes à chaleur.